Den politiske proces bag beslutningen om vedtagelsen af Egholm-motorvejen har været præget af manglende gennemsigtighed og en påfaldende underlig timing. Meget tyder på at lokalpolitikere og organisationer har lagt en strategi for at kunne haste en beslutning igennem.
Danmarks Naturfredningsforening indledte i november 2006 en fredningssag, der havde som formål at få fredet Egholm. Men der blev spændt ben for klagemuligheder på naturområdet, som havde været afgørende for at tidligere VVM-redegørelser blev afvist. Da Naturklagenævnet i 2012 afviste fredningssagen, var et af kritikpunkterne således at Danmarks Naturfredningsforening ikke havde inddraget Aalborg Kommune i sagen til trods for, at de påtænkte naturgenopretningsprojekter ville forudsætte kommunens positive medvirken.
Inden der var taget endelig stilling til østlig eller vestlig linieføring i kommune og region blev der med offentlige midler afholdt en konference i Utzon-centret, hvor man påstod, at Nordjylland stod samlet om en vestlig forbindelse over Egholm og rundsendt rapporter herom til statslige myndigheder.
Vejdirektoratet udarbejdede en såkaldt VVM-undersøgelse (Vurdering af Virkninger på Miljøet), men der var ingen idéfase indbygget i denne undersøgelse, og hele debatten om VVM-undersøgelsen lå midt i en sommerferie. Der indkom 1511 høringssvar på VVM-undersøgelsen; de fleste var stærkt kritiske over for en vestlig motorvejsforbindelse, men Vejdirektoratet konkluderede lige modsat i sit såkaldte høringsnotat.
VVM-redegørelsen fra 2011 blæste prisen på det østlige alternativ op til tre gange så meget som ved tidligere undersøgelser. Det skyldes bl.a., at man forøgede antallet af kørebaner under fjorden med hele 100 % fra 6 til 12, hvilket igen krævede en meget stor og dyr udfletning syd for fjorden. I høringsfasen foreslog en af Nordjyllands bedst kendte trafikforskere, Anker Lohmann-Hansen, en mere simpel løsning (“trompet-udfletning” med blot 9 kørebaner), men den ville Vejdirektoratet ikke lave en ordentlig vurdering af eller beregne prisen på. Netop den særdeles høje pris på det østlige alternativ var afgørende for, at en række socialdemokrater i Aalborg byråd lod sig påvirke til at stemme for vest-løsningen, og at der kom et lille flertal for den. Men beslutningen blev altså truffet på et falsk grundlag.
Den offentlige debat om beslutningen blev lagt midt i folks sommerferie med afsluttende høring 18. august 2013. Byrådet blev skubbet til at tage en beslutning om sagen inden det var muligt at se de mange høringssvar fra VVM-undersøgelsen og inden der forelå svar herpå fra Vejdirektoratet.
Beslutningen om linjeføringen over Egholm blev truffet i Folketingets transportudvalg den 25. juni 2014, hvor Folketinget var taget på sommerferie. Her lykkedes det at få Christiansborg-politikerne til at vedtage den vestlige linje, bl.a. ved at bruge 6 lodsejeres behov for afklaring som begrundelse for at stoppe debatten.
Det hævdes ofte at der i Aalborg-området er et stort flertal for en Egholm-motorvej. Men tværtimod viser en meningsmåling maj 2014 fra Jysk Analyseinstitut viste at kun 27% af de adspurgte gik ind for en Egholm-motorvej. Blandt unge mellem 19 og 27 år var det endda kun 16% tilhængere af en Egholm-motorvej.