En væsentlig del af udgifterne til Egholm-motorvejen er anlægsudgifterne. Men der er en del usikkerheder om hvor meget disse rent faktisk vil være. Hvis Egholm-motorvejen skal kunne aflaste E45 (den Nordjyske Motorvej) ved uheld i tunnelen, vil det koste i størrelsesordenen yderligere ½ mia. motorvej over til E45 i nord.
Men anlægsudgifterne er ikke de eneste. Hvis motorvejen bliver bygget, vil der være mange udgifter i forbindelse med naboretten og de civile søgsmål om erstatning, det kan føre til. Naboretten er de principper i lovgivningen, der skal beskytte ejere, lejere og andre brugere af fast ejendom mod gener. Nogle af de typiske gener som nævnes i naboretten er støj, lugt, røg, støv, stråling, gener fra træer osv.
Et hyppigt fremført argument for Egholm-motorvejen er at den vil give besparelser i form af tidsgevinster. Men Vejdirektoratets regnestykke forudsætter en stigning i biltrafikken på 2,28 % pr. år. Den reelle stigning de sidste to år under krisen er lavere end 0,5 %. De sidste 15 år er stigningen kun 1,73 %.
Det hævdes at de 110.000 trafikanter som krydser Limfjorden samlet kan spare 1.730.000 timer på årsbasis, eller 4.739 timer hver eneste dag. Det lyder imponerende! Men 4739 timer pr. dag er 17.060.400 sekunder, og det er 155 sekunder pr. trafikant, dvs. i gennemsnit 2 minutter og 35 sekunder pr. trafikant. Det er ikke engang varigheden af en typisk sang på ANR.
Vurderingen af udgifterne i forbindelse med Egholm-motorvejen har været endog særdeles optimistisk beregnet fra officiel side. I foråret 2014 formulerede Trafikalt Folkeparti sammen med lokale politikere 8 centrale kritikpunkter mod den beregning, der påstod at en vestlig forbindelse havde den bedste samfundsøkonomi. Kun det ene (overdrevne forventninger til trafikkens stigning) er blevet rettet.
Det vigtigste kritikpunkt er, at det regnestykke, politikerne læner sig op ad, slet ikke medregner værdiforringelse af naturen. Aalborgs enestående, bynære naturområder mod vest og dermed byens tiltrækningskraft forringes markant ved bygning af Egholm-motorvejen. Det er også et tab for byens rekreative muligheder og dermed befolkningens sundhedstilstand. Medregnes og værdisættes skal også, at flere sjældne dyrearter risikerer at uddø.
Et andet kritikpunkt er en væsentlig regnefejl omkring City Syd, hvor det østlige alternativ modsat det vestlige mangler forbindelse ind til det store butikscenter. Derved kommer der endnu flere bilkøer i Skalborg, og det er med til at forskyde regnskabet til fordel for vest.
Et tredje økonomisk kritikpunkt er anlægsprisen. Det østlige alternativ kan bygges væsentligt billigere end Vejdirektoratet påstår, f.eks. ved at nøjes med et enkelt ekstra rør og ved at undgå en kolossal udfletning syd for fjorden, som kræver ekspropriation af et helt industriområde. Der mangler en beregning af den såkaldte trompetløsning.